Nel caso di batteri invece, le soluzioni sono diverse, alcune delle quali comportano anche l'impiego di agenti specifici che eliminano gli organismi in eccesso. Tuttavia l'equilibrio di un acquario è assai precario, per cui è bene procedere con metodi più "artigianali" ma efficaci in egual misura. Il cambio frequente di acqua potrebbe essere una delle soluzioni da prendere in considerazione, facendo attenzione a non utilizzare solo acqua di rubinetto: nella maggior parte dei casi infatti è molto calcarea, il che aumenta la durezza dell'acqua stessa.