I pipistrelli sono distribuiti nella quasi totalità del pianeta, infatti li ritroviamo in qualsiasi continente, ad eccezione delle zone polari e cirumpolari e qualche isola oceanica molto remota. Pertanto gli habitat sono innumerevoli, perché possiamo ritrovarli sia nelle foreste tropicali e temperate, che nei deserti, nelle praterie, nelle savane, in ambienti urbani e suburbani. Solitamente vivono in zone poco elevate, anche se sono note alcune specie che sono riuscite ad adattarsi ad ambienti e climi montani. Sono animali crepuscolari o notturni, quindi di giorno sono sempre alla ricerca di un rifugio, come può essere una cantina, una grotta o costruzioni in rovina. Non sono molti i fossili di pipistrelli che sono arrivati fino a noi, ma quei pochi di cui disponiamo sono stati rinvenuti appunto in grotte o caverne, ambienti usati durante il letargo.